Reflü tedavisinde mide asit salgısının baskılanması amacıyla kullanılan ilaçlar (PPI- proton pompası inhibitörleri) yaklaşık olarak 20 yıla yakın bir süreden beri kullanılmaktadır. Bu güne kadar bu ilaçların uzun süre kullanılmasına bağlı ciddi bir yan etki bildirilmemiştir. Güncel bilgilerimize göre bu ilaçların uzun süreli kullanılmasında bir sakınca olmadığı söylenebilir. 6-8 yıldan uzun süreli kullanumda B12 vitamini eksikliği ve seyrek olarak yaşlılarda kemik yoğunluğunda azalma görülebilmektedir. Demir eksikliği gelişimi görülmemiştir. Özellikle yaşlılarda uzun süreli kullanımı gastrointestinal enfeksiyonlar ve pnömoni görülme sıklığında artışa yol açabilmektedir. İlacın uzun süreli kullanımında serum gastrin düzeylerinde artış ve midedeki nöroendokrin hücre hiperplazisi görülebilir. Bu ilaçların kullanımına bağlı mide kanseri oluşumu bildirilmemiştir. Bu ilaçlar, başka ilaçların mtabolizmalarını etkileyebildiğinden birlikte kullanılacak ilaçlarda (Coumadin, fenobarbital gibi) ayarlaması yapılmasıgerekebilir.
