Apandisitin nedeni henüz tam olarak anlaşılamamıştır ancak çoğu kez apendiks içindeki bir tıkanma olayı başlatır. Tıkanmanın sebebi küçük ve sert bir dışkı parçası, bir yabancı cisim (meyve çekirdeği vb.) veya nadiren barsak parazitleri olabilir. Bu tıkanma sonucunda apendiks ltihaplanır ve enfekte olur. Eğer oluşan iltihap tedavi edilmez ve artmaya devam ederse apendiks içindeki basınç artarak apendiks duvarı yırtılabilir. Patlamış bir apendiks bol miktarda bakteri içeren barsak muhtevasının karın boşluğuna kaçışına ve karın boşluğunun iltihaplanmasına neden olur ki bu hayatı tehdit eden bir durumdur (peritonit). Apendiks duvarındaki böyle bir yırtık apendiks etrafında içi irinli sıvı dolu odaklar (abse) oluşmasına da neden olabilir. Bu durum kadınlarda yumurtalık ve tüplerin enfekte olması sonucunda tüplerde oluşan tıkanıklıklar nedeniyle kısırlık tablosuna yol açabilir. Patlamış bir apendiks ayrıca kan dolaşımına bakterilerin geçişine neden olarak hayatı ciddi şekilde tehlikeye sokan bir tablo oluşturabilir (sepsis).
